Федерация Независимых Профсоюзов России образована в 1990 году как независимый от государства, политических и предпринимательских структур национальный профсоюзный центр.

ФНПР является самым крупным объединением трудящихся России и объединяет 122 членские организации, в том числе 42 общероссийских, межрегиональных профсоюзов и 80 территориальных объединений организаций профсоюзов. 5 общероссийских профсоюзов сотрудничают с ФНПР на основе соглашений. В профсоюзах, объединяемых ФНПР, состоит более 20 миллионов членов - около 95 процентов всех членов профсоюзов в России.         

Высшим органом ФНПР является съезд. В период между съездами деятельностью ФНПР руководит Генеральный Совет, заседания которого проводятся не реже двух раз в год. Для оперативного руководства деятельностью Федерации из числа членов Генсовета ФНПР избирается Исполнительный комитет ФНПР. Председателем Федерации Независимых Профсоюзов России с 1993 года избирается Михаил Викторович Шмаков.

Программа Федерации Независимых Профсоюзов России «Достойный труд – основа благосостояния человека и развития страны», принятая  в 2015 году IX съездом ФНПР, определяет перспективные задачи Федерации. Это – установление заработной платы в России на достойном уровне, обеспечение занятости и безопасных условий труда, справедливых пенсий, соблюдение государственных социальных гарантий, создание условий для гармоничного развития личности.

ФНПР участвует на экспертном уровне в разработке проектов федеральных и региональных законов, касающихся социально-трудовой сферы, соблюдения прав трудящихся и профсоюзов. ФНПР активно влияет на процесс совершенствования российского законодательства, в том числе через своих представителей в Государственной Думе – межфракционную депутатскую группу «Солидарность».

Наиболее значительными эпизодами этой работы в последние годы стало принятие и совершенствование Трудового кодекса РФ, принятие Закона о запрете «заемного труда», ратификация конвенций МОТ: № 132 «Об оплачиваемых отпусках», № 135 «О защите представителей работников на предприятиях», № 140 «Об оплачиваемых учебных отпусках», № 144 «О трехсторонних консультациях для содействия применению международных норм», № 154 «О содействии коллективным переговорам», № 173 «О защите требований трудящихся в случае неплатежеспособности предпринимателя», и принятие других законов.

Правовые службы ФНПР и ее членских организаций постоянно участвуют в судебных заседаниях, разрешающих трудовые споры и конфликты. Ежегодно рассматривается 14-15 тысяч подобных дел. При этом в более чем 90% случаев решения выносятся в пользу работников, а  экономический эффект для работников составляет миллиарды рублей. 

Свой стратегический курс ФНПР связывает с полноценной реализацией механизма социального партнерства. В его основу положен принцип заключения коллективных договоров на предприятиях,  а также  отраслевых и региональных трехсторонних соглашений. Практически на всех предприятиях, на которых действуют первичные организации профсоюзов, входящих в ФНПР, заключены коллективные договоры.

В 2012 году на основе Программы ФНПР  и Концепции Достойного труда, разработанной Международной организацией труда,  были  сформулированы  стандарты Достойного труда  как фундамента социальной политики.  Эти стандарты  составляют сегодня базу для переговоров по заключению  коллективных договоров и соглашений. 

ФНПР играет ведущую роль в деятельности профсоюзной стороны Российской трехсторонней комиссии по регулированию социально-трудовых отношений. Координатором профсоюзной стороны РТК является Председатель ФНПР М.В. Шмаков. В рамках работы комиссии регулярно заключаются Генеральные соглашения между общероссийскими объединениями профсоюзов, общероссийскими объединениями работодателей и Правительством Российской Федерации. Последнее такое соглашение заключено на 2014-2016 годы.

ФНПР и ее членские организации настойчиво ищут пути реализации интересов членов профсоюзов в рамках переговорного процесса и в необходимых случаях прибегают к организации коллективных действий. Миллионы россиян принимают участие в организованных под эгидой ФНПР коллективных акциях. Из наиболее крупных выступлений российских трудящихся под эгидой ФНПР следует отметить Всероссийскую акцию протеста осенью 1998 года “Нет — губительным экономическим реформам!”, Всероссийскую акцию протеста в июне 2004 года «Нет – наступлению на социальные права и интересы трудящихся и населения». В апреле – мае 2007 года прошли три этапа коллективных действий ФНПР под общим лозунгом «За соблюдение прав трудящихся! За достойную жизнь!». В поддержку требований ФНПР был проведен сбор миллионов подписей в трудовых коллективах. Ежегодно в России возникают и разрешаются до 30 крупных трудовых конфликтов в различных отраслях.

С 2008 года ФНПР активно включилась в глобальную международную компанию: Всемирный день действий «За достойный труд!» 7 октября. Перед лицом вызовов кризисных явлений в экономике и социальной сфере российское и международное профсоюзное движение демонстрируют солидарность и сплоченность своих действий. 7 октября 2014 года Всероссийская акция профсоюзов прошла под девизом "За достойный труд в мире без войн и санкций!"

В период  острой рецессии 2008 – 2010 годов ФНПР сформулировала конкретные предложения в антикризисную программу Правительства РФ и приняла самое активное участие в ее реализации.  Эффективная  деятельность ФНПР по недопущению массовой безработицы и резкого снижения уровня жизни россиян показывает, что российское профсоюзное движение испытание кризисом выдержало и укрепилось.

В первомайских шествиях и митингах, организуемых ФНПР, ежегодно принимают участие миллионы россиян, предъявляя насущные требования к работодателям и исполнительной власти. 1 мая 2014 года  в Москве впервые после распада СССР профсоюзные колонны прошли по Красной площади.

Во многом благодаря протестным действиям профсоюзов удается: сдерживать неконтролируемый рост тарифов на жилищно-коммунальные услуги и энергоносители, повышать уровень оплаты труда,  запрещать использование заемного труда, заставлять работодателей и власти садиться за стол переговоров по вопросам обеспечения занятости и охраны труда, соблюдения надлежащих государственных социальных гарантий.

ФНПР, ее членские организации оказывают большую практическую помощь работникам, принявшим решение вступить в профсоюз или создать профсоюзную организацию. Только в 2013 году в профсоюзах, объединяемых ФНПР, было создано более 5,5 тысяч новых первичных профсоюзных организаций. Вступило в профсоюзы, объединенные ФНПР, 1,5 миллиона человек.

В 2015 году состоялся IX съезд Федерации Независимых Профсоюзов  России.  Решения IX съезда ФНПР направлены на рост заработной платы трудящихся, сохранение рабочих мест,  обеспечение достойных пенсий, а также укрепление организационной структуры и повышение эффективности деятельности российских профсоюзов.

ФНПР имеет развитую систему профсоюзного образования. В нее входят два высших учебных заведения - Академия труда и социальных отношений (АТиСО) в   Москве и Санкт-Петербургский гуманитарный университет профсоюзов (СПбГУП) в Санкт-Петербурге. Функционирует сеть их филиалов, которые в настоящее время действуют в десятках регионов России. Успешно действуют также Институт профсоюзного движения АТиСО и 41 учебно-методический центр профсоюзов.

Членские организации ФНПР располагают развернутой системой информационных ресурсов, включающей в себя 112 печатных изданий и 31 приложение, публикуемое в непрофсоюзных СМИ. В арсенале информационной системы ФНПР - 21 профсоюзная теле- и радиопрограмма, а также 115 Интернет-сайтов. Официальный печатный орган ФНПР - центральная профсоюзная газета «Солидарность». Официальный сайт ФНПР: www.fnpr.ru

ФНПР активно сотрудничает с Международной организацией труда (МОТ). Председатель ФНПР является членом Административного Совета МОТ.

ФНПР поддерживает братские отношения с более чем 100 национальными профцентрами из 70 стран мира. ФНПР является крупнейшей членской организацией Международной конфедерации профсоюзов (МКП), которая в настоящее время объединяет 176 млн. членов профсоюзов, представляющих 324 членские организации в 161 стране мира. Председатель ФНПР М.В. Шмаков является Вице-президентом и членом Исполкома МКП.

ФНПР вошла в состав Всеевропейского регионального совета Международной конфедерации профсоюзов (ВЕРС-МКП), который объединяет профцентры Новых независимых государств Европы и стран СНГ. Президентом ВЕРС-МКП избран Председатель ФНПР М.В. Шмаков.

ФНПР также является членской организацией Всеобщей Конфедерации Профсоюзов стран СНГ. Председатель ФНПР избран Президентом ВКП.